1、農業(yè)物流的相關(guān)理論研究嚴重滯后
由于農業(yè)生產(chǎn)的地域性，以及生產(chǎn)的季節性與常年性消費需求之間的對立，造成了中國農產(chǎn)品供需的時(shí)空矛盾，解決這個(gè)矛盾的基本途徑就是發(fā)展中國現代農業(yè)物流。農產(chǎn)品物流只有做到農產(chǎn)品保值，才能實(shí)現農產(chǎn)品的價(jià)值與使用價(jià)值，進(jìn)而才可能使農產(chǎn)品在物流過(guò)程中增值。
在中國的農業(yè)發(fā)展過(guò)程中，“重生產(chǎn)、輕流通”思想意識的影響廣泛，而對農業(yè)生產(chǎn)資料、農產(chǎn)品流通和物流配送等相關(guān)產(chǎn)業(yè)的協(xié)同發(fā)展作用認識不足，更沒(méi)有形成農業(yè)物流完整的行業(yè)體系框架。農業(yè)物流作為農業(yè)產(chǎn)業(yè)發(fā)展的重要組成部分，對農業(yè)物流理論探討的嚴重匱乏。降低農產(chǎn)品生產(chǎn)與流通的成本，引導農業(yè)生產(chǎn)資料的生產(chǎn)與配置，提高中國農業(yè)的整體產(chǎn)業(yè)效益，需要有現代農業(yè)物流理論指導。中國農業(yè)流通和物流的相關(guān)理論研究，在中國農業(yè)現代化發(fā)展過(guò)程中地位，沒(méi)有受到應有的重視。
2、農業(yè)物流的基礎投入不足
一直以來(lái)，我們在農業(yè)生產(chǎn)環(huán)節的增產(chǎn)上全力以赴，但物流保鮮技術(shù)、物流加工和冷鏈建設等后續物流環(huán)節的基礎投入明顯不足。對比中美兩國的農業(yè)投資結構：
由此可見(jiàn)，中國薄弱的農業(yè)物流現狀和過(guò)去數量型農業(yè)生產(chǎn)投資結構密切相關(guān)，農業(yè)物流在基礎投入方面的長(cháng)期欠帳使得高額物流損耗一時(shí)難以根本扭轉。以果蔬產(chǎn)品為例，據有關(guān)數據統計，我國每年越有8000萬(wàn)噸果蔬腐爛，損失總值近 800億元。損失率為25%～30%，可以滿(mǎn)足2億人口的基本營(yíng)養需求。這與發(fā)達國家5%以下的果蔬損失率相比，差距很大。
另一方面，2003年投資高速增長(cháng)帶動(dòng)了裝備工業(yè)的快速發(fā)展，其中農副產(chǎn)品加工專(zhuān)用設備制造利潤增長(cháng)2倍。從2003年1-11月份經(jīng)濟運行情況來(lái)看，農副產(chǎn)品加工業(yè)實(shí)現利潤134.9億元，同比增長(cháng)37.1%；食品制造業(yè)實(shí)現利潤96.6億元，同比增長(cháng)37.7%，其中，液體乳及乳制品制造業(yè)利潤增長(cháng)52%。從分行業(yè)固定資產(chǎn)投資情況分析，農副食品加工業(yè)固定資產(chǎn)投資形勢良好，農副食品加工業(yè)完成固定資產(chǎn)投資占全國食品工業(yè)固定資產(chǎn)投資比重39.30%，行業(yè)新增固定資產(chǎn)占全國食品行業(yè)比重38.34%，固定資產(chǎn)投資項目數量和規模在食品各中類(lèi)行業(yè)中比重最大，反映出國家宏觀(guān)調控政策的成效，加大了農產(chǎn)品轉化力度。
3、農業(yè)物流信息體系不健全
農業(yè)物流流體的流向和流程，以及由此而產(chǎn)生的效率和效益是與農業(yè)物流的信息體系密切相關(guān)。農業(yè)物流信息體系既包括農業(yè)市場(chǎng)信息，也包括農業(yè)物流的資源信息，而現在農業(yè)信息系統和農業(yè)物流信息體統所能提供信息品種和質(zhì)量都不能滿(mǎn)足需要，缺乏有效的信息導向，農資和農產(chǎn)品物流的流向帶有盲目性，流程不合理，這是導致在途損失嚴重，影響流體保值增值的重要原因。
2003年菜價(jià)上漲，誰(shuí)能告訴農民明年種什么？明年蔬菜種植面積會(huì )不會(huì )大幅度增加，從而引起菜價(jià)再次下跌？長(cháng)期以來(lái)，農民對市場(chǎng)供求信息的獲取渠道單一，手段缺乏，滯后失真現象嚴重，趕不上市場(chǎng)變化，要改變這種狀況迫切需要建立完善的信息采集、加工整理和發(fā)布體系。
4、農業(yè)物流成本偏高
目前中國的農業(yè)物流成本比較高，而且不穩定，其中有物流利潤和運輸成本因素，但更多的是物流環(huán)境的影響，由于路況不良的時(shí)間成本，交通秩序中不當現象無(wú)形中增加的物流成本（例如設卡收費等）。隨著(zhù)物流業(yè)的發(fā)展，基礎農業(yè)物流利潤下降，而在途損耗和不合理物流環(huán)境成本顯得十分突出。
多數長(cháng)途販運的農產(chǎn)品是以初級形態(tài)為主，農產(chǎn)品物流結構中，低附加值產(chǎn)品居多，以農產(chǎn)品的主要物流形式公路運輸為例，對于農產(chǎn)品和工業(yè)品的收費標準相同，但兩者價(jià)值和利潤卻相差懸殊，這就是業(yè)內呼吁建立農產(chǎn)品物流 “綠色通道”的原因所在。500毫升蒙牛奶的超市售價(jià)2.8元/包，其中運費要占10%，更不要說(shuō)低值低毛利的初級農產(chǎn)品了。