(1)　配套政策和標準不到位
對于第三方醫藥物流企業(yè)的審核制度仍然不明確。國家對江蘇、浙江等11個(gè)地區的成立醫藥物流中心給予貼息貸款等政策支持。這些整改的一個(gè)必然結果就是醫藥的第三方物流企業(yè)從原有的醫藥批發(fā)企業(yè)中剝離出來(lái)，一旦剝離就面臨對這些新的第三方物流企業(yè)進(jìn)行資質(zhì)考核和評估的問(wèn)題。但是國家對這方面沒(méi)有一個(gè)新的考核和評估體系，而原有的gsp認證只是適合醫藥經(jīng)銷(xiāo)企業(yè)的，對于第三方醫藥物流企業(yè)gsp的很多內容都不再適用。一個(gè)新的考核、評估體系的制定迫在眉睫。
此外，國家還沒(méi)有出臺統一的藥品編碼。統一編碼可以建立起一套對藥品質(zhì)量全程跟蹤和追究制度，但是長(cháng)期以來(lái)，由于藥品的品種較多，國家沒(méi)有統一編碼，藥品名稱(chēng)復雜，有中文名、商品名、英文名、拉丁名等。這給生產(chǎn)企業(yè)、醫院，尤其給大型連鎖藥店帶來(lái)很多的麻煩。這種各家自成體系的編碼，在信息流通中既不能實(shí)現信息共享，也不利于對藥品的監管，從而造成了資源的極大浪費。另外物流標準的不統一也成為制約我國醫藥物流向規范化、高效化并與國際接軌的一大障礙。比如藥品物流容器、藥品包裝箱、藥品倉儲托盤(pán)等缺乏統一的標準。因此必須加快推進(jìn)醫藥物流標準化的建設。同時(shí)，調整醫藥物流配送中心的許可證制度和經(jīng)營(yíng)對象范圍，應與國際接軌，建立配送中心嚴格準入許可證制度，建立配送中心下屬的配送分中心的許可證備案制度。
(2)　投資過(guò)熱、過(guò)散，缺乏有效整合
從2002年7月北京醫藥股份與國際著(zhù)名物流設計生產(chǎn)制造企業(yè)西門(mén)子德馬泰克正式簽約，合作建立現代化醫藥物流配送中心之后，全國各地廣泛掀起了興建大型醫藥物流中心的熱潮。目前國內銷(xiāo)售額最大的中國醫藥集團、上海醫藥股份公司、九州通集團有限公司也分別僅占醫藥市場(chǎng)銷(xiāo)售總額的3%～5%左右，與此同時(shí)這些醫藥物流企業(yè)在物流建設中均以單個(gè)企業(yè)為主體，呈現點(diǎn)多、規模大、投資大的狀況。設計規模要求往往是企業(yè)現有業(yè)務(wù)規模的3到5倍，動(dòng)輒要求能夠支持上百億元的銷(xiāo)售。然而，由于國內醫藥行業(yè)供應鏈整合的環(huán)境還沒(méi)有形成，第三方醫藥物流也不成熟，各搞一塊、重復投資的結果就是各家都吃不飽、很難形成規模效應。
與美國相比，平均每個(gè)配送中心能夠支撐的消費額，我國只是美國的11.75%;配送中心內每平方米能夠支持的銷(xiāo)售額，我國只是美國的40%;平均每個(gè)配送中心能夠支持的sku品種規格，我國也只是美國的24%;而平均處理單行訂單的運作成本，我國卻是美國的2.78倍。由于銷(xiāo)售額小、效率低，所以經(jīng)營(yíng)會(huì )處于困難境地。前一段時(shí)間在九省通衢的武漢，有四家已建和在建的醫藥物流中心，其中一家物流中心已明顯業(yè)務(wù)不足，陷入虧損的困境。
(3)　第三方物流不成熟
由于剝離出來(lái)的醫藥物流企業(yè)沒(méi)有經(jīng)歷一個(gè)第三方物流企業(yè)的一般發(fā)展過(guò)程，存在很多的第三方物流能力的不足。第一，配送網(wǎng)絡(luò )單一，配送網(wǎng)絡(luò )主要從以前的藥品進(jìn)、銷(xiāo)的路線(xiàn)和節點(diǎn)演化，分布不合理，沒(méi)有從第三方物流系統規劃配送網(wǎng)絡(luò )的角度設計。第二，信息化能力低下，醫藥物流信息化建設落后，還沒(méi)有一個(gè)適應國內市場(chǎng)的成熟的信息化方案。許多企業(yè)還沒(méi)有能力利用信息化來(lái)提高效率。第三，醫藥物流企業(yè)采用的是倉庫、車(chē)輛和人員的堆積方式，實(shí)現以人工為主的商品儲運，人員素質(zhì)不高，當面對更大的商品吞吐，效率、速度、準確與成本等因素對發(fā)展造成影響。據有關(guān)統計，目前國內醫藥商業(yè)的平均物流成本占銷(xiāo)售額的比重達10%以上，而美國醫藥批發(fā)商的該項指標僅為2.6%;醫藥商業(yè)純利潤率僅有0.72%，全美醫藥批發(fā)商利潤率為1.55%。因此物流手段與發(fā)達國家相比還有不小的差距。
(4)　專(zhuān)業(yè)管理人才缺乏
目前有業(yè)內專(zhuān)家估計，能夠真正稱(chēng)得上醫藥高級物流人才的僅超過(guò)百人。當前全國急需高級醫藥物流人才2,000人左右，這也就是說(shuō)社會(huì )上醫藥物流人才的比例不足總需求量的1/20，并且隨著(zhù)醫藥物流的持續升溫，這個(gè)差距還會(huì )懸殊。造成醫藥物流專(zhuān)業(yè)人才的缺乏主要原因有三個(gè)方面：第一，由于很多的醫藥企業(yè)對物流的認識還只停留在淺層次的模糊概念上，以至于很多管理都認為醫藥物流不過(guò)是醫藥運輸與倉儲的簡(jiǎn)單相加。在這種觀(guān)念指導下，使這些對物流認識本身就一知半解的高層管理者們錯誤地認為:　高薪聘請醫藥人才還不如多找些倉庫保管員和貨物運輸員，因此許多所謂的物流人才實(shí)際上只是些操作工而已。這就導致人才供給被假性擴大，從而真正意義上的，對復合型物流人才、戰略型人才的需求就不像原本那么強烈，這是不利于醫藥物流復合型人才培養的。第二，由于在整個(gè)物流人才管理過(guò)程中還存在著(zhù)種種疏漏，從而導致物流人才存在直接或間接的流失，比如傳統的醫藥物流薪酬激勵作用不大，員工的培養計劃根本沒(méi)有或者有但是不成熟等等。第三，部門(mén)整合不徹底。物流部門(mén)作為一個(gè)協(xié)調生產(chǎn)與銷(xiāo)售的服務(wù)部門(mén)，往往其成員所做出的戰略決策是針對企業(yè)若干職能部門(mén)的，所以物流人員的積極性就很大程度上取決于整個(gè)組織間的協(xié)調合作。