盡管電子商務(wù)物流信息系統是企業(yè)經(jīng)營(yíng)系統的一部分，與企業(yè)其他部門(mén)的管理系統在基本層面上沒(méi)有太大區別，但是，由于物流活動(dòng)本身具有的時(shí)空上的特點(diǎn)，使得電子商務(wù)物流信息系統具有如下特征。
(1)開(kāi)放性
為實(shí)現物流企業(yè)管理或非物流企業(yè)物流管理的一體化和資源的共享，物流管理系統應具備與公司內部其他系統如財務(wù)、工資管理、人力資源管理等系統相連接的性能。且系統不僅要在企業(yè)內部實(shí)現數據的整合和順暢流通，還應具備與企業(yè)外部的供應鏈的各個(gè)環(huán)節進(jìn)行信息整合和數據交換的能力，達到各方面的無(wú)縫連接。物流信息系統應用edi方式、門(mén)戶(hù)平臺方式和數據對接等多種接口方式來(lái)實(shí)現數據整合和順暢流通。
(2)可擴展性和靈活性
隨著(zhù)社會(huì )經(jīng)濟的快速發(fā)展，企業(yè)的管理以及業(yè)務(wù)的變化也在加快，這就要求系統能夠隨著(zhù)企業(yè)的變革而變革。如物流企業(yè)實(shí)施流程再造，采用了新的流程，原來(lái)的系統將可能無(wú)法適用新的流程。如果企業(yè)需要再進(jìn)行大規模投資，重新引進(jìn)新的管理系統就會(huì )造成資源的極大浪費。所以物流信息系統要具備隨著(zhù)企業(yè)發(fā)展而發(fā)展的能力，并考慮系統的靈活性。在建設物流信息系統時(shí)，應充分考慮企業(yè)未來(lái)的管理及業(yè)務(wù)發(fā)展的需要，以便在原來(lái)系統的基礎上建立更高層次的管理模塊。
(3)安全性
局域網(wǎng)和互聯(lián)網(wǎng)是電子商務(wù)物流信息系統的一個(gè)基本運行條件，它使物流企業(yè)觸角得以延伸更遠、數據更集中，但安全性問(wèn)題也隨之而來(lái)。在物流信息系統開(kāi)發(fā)初期，其安全性往往被人們所忽略。但隨著(zhù)系統開(kāi)發(fā)的深入，特別是以網(wǎng)上銀行為主要支付手段的實(shí)現和電子單證的使用，安全性已成為電子商務(wù)物流信息系統的首要問(wèn)題。它可分為內部安全性問(wèn)題和外部安全性問(wèn)題。
(4)協(xié)同性
系統的協(xié)同性體現在其與客戶(hù)、企業(yè)各部門(mén)、供應鏈各環(huán)節及社會(huì )各部門(mén)的協(xié)同等方面。
·與客戶(hù)的協(xié)調。系統應具有和客戶(hù)的erp系統、庫存管理系統等實(shí)現連接的能力。系統可以定期給客戶(hù)發(fā)送各種物流信息，如庫存信息、車(chē)輛配送信息、催款提示等。
·與企業(yè)內部備部門(mén)間的協(xié)同。如業(yè)務(wù)人員可將客戶(hù)、貨物的數據輸入系統，財務(wù)人員可根據業(yè)務(wù)人員輸入的數據進(jìn)行記賬、控制等處理。
·與供應鏈上的其他環(huán)節的協(xié)同。如第三方物流公司應與船公司、運輸公司、拖車(chē)公司、倉儲公司、鐵路運輸公司、公路運輸公司等企業(yè)，通過(guò)網(wǎng)絡(luò )實(shí)現信息傳輸。
·與社會(huì )各部門(mén)的協(xié)同。即通過(guò)網(wǎng)絡(luò )與銀行、海關(guān)、稅務(wù)機關(guān)等部門(mén)實(shí)現信息即時(shí)傳輸。與銀行聯(lián)網(wǎng)，可以實(shí)現網(wǎng)上支付和網(wǎng)上結算，也可以查詢(xún)企業(yè)的資金信息；與海關(guān)聯(lián)網(wǎng)，可以實(shí)現網(wǎng)上報關(guān)等。
(5)動(dòng)態(tài)性
系統反映的數據應該是動(dòng)態(tài)的，可隨著(zhù)物流的變化而變化，能實(shí)時(shí)反映貨物流動(dòng)的各種狀況，支持客戶(hù)和公司員工的在線(xiàn)動(dòng)態(tài)查詢(xún)，這就需要公司內部與外部數據通信應及時(shí)、通暢。
(6)快速反應
系統應能對用戶(hù)、客戶(hù)的在線(xiàn)查詢(xún)、修改、輸入等操作作出快速和及時(shí)的反應。在市場(chǎng)瞬息萬(wàn)變的今天，企業(yè)需要跟上市場(chǎng)的變化才可在激烈的市場(chǎng)競爭中生存。物流管理信息系統是物流企業(yè)的數字神經(jīng)系統，系統的每一神經(jīng)元滲入供應鏈的每一末梢，而每一末梢的刺激都能引起系統的快速、適當的反應。
(7)信息的集成性
物流過(guò)程中涉及的環(huán)節多、分布廣，信息隨著(zhù)物流在供應鏈上的流動(dòng)而流動(dòng)，信息在地理上往往具有分散、范圍廣、量大等特點(diǎn)，因此，信息的管理應高度集成，同樣的信息只需要一次輸入，以實(shí)現資源共享，減少重復操作，減少信息的差錯性。目前大型的關(guān)系型數據倉庫通過(guò)建立數據之間的關(guān)聯(lián)，基本可實(shí)現這一點(diǎn)。
(8)支持遠程處理
物流過(guò)程往往涉及不同的部門(mén)并跨越不同的地區。在網(wǎng)絡(luò )時(shí)代，企業(yè)同客戶(hù)間的物理距離等都將變成鼠標距離。物流管理信息系統應支持遠程的業(yè)務(wù)查詢(xún)、輸入和人機對話(huà)等事務(wù)處理功能。
(9)檢測、預警和糾錯能力
為保證數據的準確性和穩定性，系統應在各模塊中設置一些檢測小模塊，對輸入的數據進(jìn)行檢測，以把一些無(wú)效的數據排斥在外。例如，集裝箱箱號在編制時(shí)有一定的編碼規則，在輸入集裝箱箱號時(shí)，系統可以根據這些規則設置檢測模塊，提醒并避免操作人員輸入錯誤信息。又如，許多公司的提單不能夠重復，系統在操作人員操作時(shí)都會(huì )自動(dòng)檢測校驗。物流信息系統應可以靈活設置預警機制、提示信息，如將緊急發(fā)貨的記錄設置為紅顏色顯示，在客戶(hù)欠款達到一定數量時(shí)自動(dòng)提示等。