公用型保稅倉庫和自用型保稅倉庫的主要區別在于：
1、所存存貨物的供給對象不同。前者面向全社會(huì )提供公共保稅倉儲物流服務(wù)，后者存儲的貨物僅供本企業(yè)自用。
2、功能不同。前者可以對所存貨物開(kāi)展包裝、打膜、印刷嘜碼、分拆、分級、分類(lèi)、拼裝等流通性簡(jiǎn)單加工和增值服務(wù)，后者主要是為特定加工貿易企業(yè)供應生產(chǎn)自用的生產(chǎn)性物料、零配件等，不能開(kāi)展簡(jiǎn)單加工服務(wù)。
3、面積標準不同。公用型的最低面積為2000平方米，自用型的對面積不設最低門(mén)檻。
4、經(jīng)營(yíng)主體經(jīng)營(yíng)范圍的要求不同。公用型保稅倉庫必須具有工商行政管理部門(mén)核準的倉儲經(jīng)營(yíng)權，自用型的經(jīng)濟主體無(wú)須具有倉儲經(jīng)營(yíng)權。
5、經(jīng)營(yíng)主體的性質(zhì)不同。前者對經(jīng)營(yíng)主體的性質(zhì)不作特別要求，可以是外貿企業(yè)、物流企業(yè)或生產(chǎn)型企業(yè)等，但后者的經(jīng)營(yíng)主體只能是加工貿易企業(yè)。