1、缺乏對農業(yè)物流的科學(xué)認識?，F階段，全社會(huì )的物流觀(guān)念還沒(méi)有完全樹(shù)立起來(lái)，很多人把現代農業(yè)物流理解為農產(chǎn)品的倉儲、運輸和裝卸等，沒(méi)有認識到現代農業(yè)物流是蘊涵農業(yè)生產(chǎn)布局、結構調整、品種流向、農資和農產(chǎn)品實(shí)體運動(dòng)所必須的裝卸、儲運、加工增值及相關(guān)服務(wù)與信息的環(huán)節鏈系統；沒(méi)有認識到現代農業(yè)物流在降低流通成本和交易費用，提高農產(chǎn)品附加值，增強企業(yè)競爭力方面的獨特作用。認識上的片面性導致農業(yè)物流因環(huán)節鏈的脫節無(wú)法實(shí)現整體上的科學(xué)、合理運作。
2、農業(yè)物流成本過(guò)高。我國農業(yè)生產(chǎn)大多是單戶(hù)經(jīng)營(yíng)的形式，很難達到經(jīng)濟規模。農業(yè)生產(chǎn)資料的分散采購和農產(chǎn)品的分散銷(xiāo)售方式也具有自發(fā)的盲目性。很容易導致利用率低，生產(chǎn)要素的供應時(shí)間長(cháng)而不穩定，物流成本過(guò)高。如我國農產(chǎn)品物流成本占總成本的30%—40%，鮮活農產(chǎn)品達到60%以上，而發(fā)達國家的物流成本一般控制在10%左右。
3、農業(yè)物流技術(shù)裝備水平低。交通動(dòng)力不足，缺乏農業(yè)專(zhuān)用運輸工具。存儲、保鮮技術(shù)落后且條件差，加工處理水平低。例如，我國80%以上的生鮮食品是采用常溫保存、流通和初加工。據統計，常溫流通中果蔬約損失20%—30%，糧油15%、蛋15%、肉干耗3%，加上食品的等級間隔、運輸及加工損耗，每年造成的經(jīng)濟損失約上千億元。美國農產(chǎn)品加工前后增值比為1∶3.8，而我國僅為1∶1.8。
4、農業(yè)物流信息化滯后。盡管涉農部門(mén)建立了一些農業(yè)信息網(wǎng)絡(luò )，但網(wǎng)絡(luò )在鄉、村出現斷層，農業(yè)物流資源信息不集中，發(fā)布與更新不及時(shí)，導致農業(yè)物流信息共享度低，信息流通不暢。從全國看，農業(yè)物流缺乏經(jīng)過(guò)統一規劃設計的信息系統，信息技術(shù)還沒(méi)有在農業(yè)物流中普遍應用，企業(yè)內部與企業(yè)之間信息化差距大，電子商務(wù)發(fā)展不足。
5、農業(yè)物流社會(huì )化與市場(chǎng)化程度低。無(wú)論是農資生產(chǎn)企業(yè)還是農產(chǎn)品生產(chǎn)企業(yè)，仍然熱衷于自營(yíng)物流，農民更是如此。雖然他們向運輸企業(yè)或倉儲企業(yè)尋求服務(wù)，但這些都僅限于一次性和臨時(shí)、分散的物流服務(wù)，本質(zhì)上仍然追求自己內部生產(chǎn)與物流的結合，制約了第三方農業(yè)物流的發(fā)展。同時(shí)由于缺少足夠的用戶(hù)，數量有限的第三方農業(yè)物流的規模和實(shí)力都較小，只能簡(jiǎn)單地提供運輸、倉儲和初加工服務(wù)。缺乏需求預測、精深加工、物流信息服務(wù)、成本控制和物流設施網(wǎng)絡(luò )設計等增值服務(wù)，尤其是物流方案設計以及全程物流服務(wù)等更高層次的物流服務(wù)還沒(méi)有開(kāi)展。
6.農業(yè)物流標準化程度低。目前，我國仍未建立起適應農業(yè)物流發(fā)展的技術(shù)標準和工作標準體系，農業(yè)物流非標準化裝備、設施、行為仍相當普遍。比如，各種運輸方式之間裝備標準不統一；包裝標準與運輸實(shí)施標準不配套；不少農產(chǎn)品的分類(lèi)、分級、分等大多憑人工感覺(jué)，誤差過(guò)大。這種狀況給農產(chǎn)品的儲存、運輸和加工造成一定困難，嚴重影響了農業(yè)物流活動(dòng)的質(zhì)量、效率和效益的提高以及國際農業(yè)物流活動(dòng)的通暢。