總體來(lái)看，我國物流中心存在著(zhù)經(jīng)營(yíng)分散，社會(huì )化程度低，物流布局不合理，物流技術(shù)含量低等問(wèn)題。
1)體制弊端
目前在我國經(jīng)濟領(lǐng)域中存在的部門(mén)分割、地區分割等現象，嚴重阻礙了現代化物流中心的發(fā)展。由于各部門(mén)、各地區都從自身的利益出發(fā)，存在一種“肥水不流外人田”的思想，在制定發(fā)展規劃時(shí)，缺乏必要的統籌與協(xié)調，缺乏綜合性規劃。較為常見(jiàn)的是鐵路與公路等運輸部門(mén)都組建了自已的物流中心，但這些物流中心橫向聯(lián)系少，資源不能共享，造成重復建設5資源的利用率低。
專(zhuān)業(yè)化分工和協(xié)作是物流中心賴(lài)以生存和發(fā)展的基礎環(huán)境，條塊分割和區域封鎖卻嚴重制約著(zhù)現代化物流中心的建設和發(fā)展。主要表現在產(chǎn)業(yè)結構趨同化，即各地區沒(méi)有很好地根據當地的實(shí)際情況，建立起能發(fā)揮本地區優(yōu)勢的產(chǎn)業(yè)，做到與其他地區優(yōu)勢互補。這種不合理性降低了地區間的比較優(yōu)勢，減少了商品流通的相對規模，使物流中心的生存空間受到相當擠壓，增加了物流中心開(kāi)展業(yè)務(wù)的難度，削弱了物流中心可能帶來(lái)的比較利益。
2)物流中心信息化程度較低
目前，我國的物流中心在獲取信息的手段和技術(shù)等方面與國外物流中心相比，有很大的差距。盡管我國的物流中心也已經(jīng)開(kāi)始了物流中心網(wǎng)絡(luò )化建設，但其網(wǎng)絡(luò )的覆蓋面還遠遠不能滿(mǎn)足需求。在信息化時(shí)代，沒(méi)有及時(shí)、準確、全面的信息支持，物流中心的成功運作是相當困難的。
3)物流中心的社會(huì )化程度較低
目前我國的生產(chǎn)企業(yè)、流通企業(yè)中的“大而全”、“小而全”現象和思想仍然存在，這些企業(yè)一般都擁有自己的物流體系，這就造成了我國物流中心的規模小而分散，社會(huì )化、組織化程度低，在物流配送的各環(huán)節上銜接配套差，物流服務(wù)功能不完善。
4)物流中心的信譽(yù)有待提高
目前我國的物流中心還遠遠沒(méi)有實(shí)現規模經(jīng)營(yíng)，因此帶來(lái)的信譽(yù)問(wèn)題是不可避免的。物流中心不能按照事先與客戶(hù)達成的協(xié)議，圓滿(mǎn)完成物流服務(wù)，從而使自己在客戶(hù)中的聲譽(yù)受到影響，這種現象經(jīng)常出現。這將對該物流中心未來(lái)的發(fā)展帶來(lái)嚴重影響。