1、 在調整定價(jià)制度，將稅負由營(yíng)業(yè)稅轉為增值稅后，部分物流企業(yè)出現整體稅負不降反升的現象。造成這種情況的主要原因是運輸服務(wù)業(yè)稅率大幅提高，而企業(yè)實(shí)際可抵扣項目較少。為了應對暫時(shí)性的稅負增加，物流企業(yè)可以考慮調整定價(jià)策略，相應提高物流服務(wù)價(jià)格，將增加的增值稅稅負轉嫁給下游企業(yè)。對于下游企業(yè)，如果也是增值稅一般納稅人，可以扣除試點(diǎn)服務(wù)采購產(chǎn)生的進(jìn)項稅額，相應降低實(shí)際采購成本。由此可以看出，雙方都可以受益于原定價(jià)體系的調整，可以說(shuō)是“一舉兩得”。
2、 “營(yíng)改增”后，部分物流企業(yè)的銷(xiāo)項稅和進(jìn)項稅都有所提高，這將使增值稅負擔加重。在這種情況下，作為小規模納稅人，征收率為3%。雖然進(jìn)項稅不能抵扣，但總體增值稅負擔相對較低。因此，在物流業(yè)試點(diǎn)中中年銷(xiāo)售額在500萬(wàn)元以上但規模不大的普通納稅人，可以考慮通過(guò)分立公司等方式改變增值稅納稅人身份，在一定程度上減輕增值稅負擔。
3、 不同性質(zhì)的收入型物流企業(yè)往往從事多種經(jīng)營(yíng)，不同經(jīng)營(yíng)方式的增值稅稅率不同。例如，提供運輸服務(wù)的運輸收入，按“運輸業(yè)”按11%的稅率征收增值稅，運輸貨物的倉儲、裝卸、裝卸等環(huán)節，按“現代服務(wù)業(yè)部分”按6%的稅率征收增值稅。根據《交通運輸業(yè)和部分現代服務(wù)業(yè)營(yíng)業(yè)稅改征增值稅試點(diǎn)的規定》（財稅〔2013〕37號文附件2），試點(diǎn)納稅人有不同稅率或征收率的貨物或應稅勞務(wù)的，不同稅率或者不同稅率的貨物或者應稅勞務(wù)的銷(xiāo)售額，應當分別計算；不單獨計算銷(xiāo)售額的，應當按照較高的適用稅率計算。因此，試點(diǎn)物流企業(yè)同時(shí)經(jīng)營(yíng)不同稅率的應稅貨物或服務(wù)時(shí)，應盡量分別核算不同性質(zhì)的收入，避免高適用稅率納稅。
4、 由于季節性工作量的差異，物流企業(yè)往往在淡季出租閑置的機器設備。根據《交通運輸業(yè)和部分現代服務(wù)業(yè)營(yíng)業(yè)稅改征增值稅試點(diǎn)》（財稅〔2013〕37號文附件一）的規定，租賃有形動(dòng)產(chǎn)增值稅率為17%，而裝卸服務(wù)業(yè)是現代服務(wù)業(yè)的一部分，稅率為6%。因此，試點(diǎn)物流企業(yè)可以考慮修改租賃合同，將設備租賃改為異地裝修工作，從而適用較低的增值稅稅率，減輕企業(yè)的增值稅負擔。